A povoação que deu origem à sede municipal, localizava-se no antigo Município de Forte, hoje simples povoado, com a denominação de Olhos d’Água, em virtude de diversas nascentes existentes na região. Em 1910, segundo o Anuário Estatístico e Geográfico do Estado de Goiás, o povoado possuía apenas duas casas e uma capela dedicada a São João e denominava-se Capetinga, nome originário do ribeirão que banha a região.
Mais tarde, tornou-se conhecido por São João de Capetinga, em louvor ao padroeiro e à denominação antiga do local. Em 22 de abril de 1931, o povoado foi elevado à categoria de Vila, com o novo topônimo de SÃO JOÃO D’ALIANÇA, em homenagem à Aliança Liberal que triunfou em 1930, tornando-se sede do Município de Forte, que retornou à condição de povoado, pela Lei Estadual nº 793, de 6 de março de 1931, que determinara a transferência da sede municipal.
Em 1939, foi extinto o município, voltando à condição de distrito, pertencente ao Município de Formosa. Quinze anos depois, pela Lei Estadual nº 782, de 1º de outubro de 1953, foi novamente elevado a município, instalado em 1º de janeiro de 1954, com o mesmo topônimo de São João d’Aliança.
Gentílico: são joanense (autografo de Lei n° 03/1984, de 1° de março de 1984).
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Capetinga, ex-povoado, pela lei municipal nº 7 de outubro de 1904, subordinado ao município de Forte. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito figura no município de Forte. Pela lei estadual nº 793, de 06/03/1931, o distrito de Capetinga passou a denominarse São João d’Aliança. Pelo decreto acima citado transfere a sede do município de Forte para a povoação de São João da Capetinga, com a denominação de São João d’Aliança passando o município a ter esta denominação.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município já denominado São João d’Aliança é constituído de 2 distritos: São João d’ Aliança e Forte. Pelo decreto-lei estadual nº 1233, de 31/10/1938, o município de São João d?Aliança foi extinto, sendo que seu território anexado ao município de Formosa. No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, São João d?Aliança figura como distrito do município de Formosa. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 01/07/1950.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de São João d’Aliança, pela lei estadual nº 782, de 01/10/1953, desmembrado de Formosa. Sede no antigo distrito de São João d’Aliança. Constituído do distrito sede. Instalado em 01/01/1954. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Pela lei municipal nº 9154, de 14/05/1982, é criado o distrito de Forte e anexado ao município de São João d’Aliança.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: São João d’Aliança e Forte. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007. Alteração toponímica distrital Capetinga para São João d’Aliança alterado, pela lei estadual nº 793, de 06/03/1931.
